Село Усть-Баргузин было основано казаками-первопроходцами на правом берегу р.Баргузин при ее впадении в Байкал и получило статус поселения в 1666 году . Там в 1869 г. был построен миссионерский храм. В 1950-х годах, перед постройкой плотины на Ангаре, поселок ввиду угрозы подтопления перенесли на левый берег. В 1994 году в помещении местного ДК начались собрания православной общины под окормлением священника Геннадия Комарова из райцентра. В сентябре 1995 был зарегистрирован приход  во главе с настоятелем иереем Владимиром Агафоновым. Община получила в собственность деревянное здание бывшего лесхозовского детсада с участком и постройками по ул.Кагальницкого. В 1998 году построен деревянный храм в честь Рождества Иоанна Предтечи.

С 1998 по 2000 год настоятелем был священник Евгений Емшанов, а после него иеромонах Иннокентий (Кизарев). С 2004 г. приход окормлял священник Сергий Галактионов, настоятель Баргузинского храма. В 2010-2011 настоятелем был священник Андрей Леонтьев, а в марте 2014 назначен священник Роман Витюк.